Effektiv primerdesign med PerlPrimer
PerlPrimer är en gratis och öppen källkod GUI-applikation som förenklar design av primers för PCR och sekvensering. Programmet erbjuder funktioner som beräkning av primer-dimerer, sekvenshämtning från Ensembl och BLAST-sökning av primers. Användare kan också spara och exportera resultat i ett tab-separerat format, vilket är kompatibelt med de flesta kalkylbladsprogram. Med sina algoritmer för ORF och CpG-öar, samt möjlighet att lägga till kloningssekvenser, tillgodoser PerlPrimer både standard PCR och realtids PCR utan manuell hantering av intron-exon-gränser.
Programmet beräknar smältningstemperaturer med hjälp av avancerade termodynamiska parametrar och justerar för saltkoncentrationer, vilket ger hög noggrannhet och maximal produktutbyte vid amplifikation. PerlPrimer är plattformsoberoende och har testats på Windows och GNU/Linux, med rapporterad framgång även på Mac OS X. Med sina omfattande funktioner är PerlPrimer ett oumbärligt verktyg för forskare inom bioinformatik och molekylärbiologi.
